Исследования по хантыйской филологии стали планироваться непосредственно после создания института (1991; планирование В.Н.Соловар), а более или менее широко стали проводиться с 1994 года, когда в институте начал работать кандидат филологических наук А.Д.Каксин (хотя фактически он стал заниматься этими исследованиями с 1990 года, будучи стажером, а затем аспирантом Новосибирского государственного университета, и в 1992-1994 гг. поддерживал связи с институтом). Структурное подразделение института, занимающееся исследованиями по хантыйской филологии, с тех пор неоднократно преобразовывалось, но руководство работой в этом направлении всегда осуществлял А.Д.Каксин (он же все эти годы был ведущим научным сотрудником по данному направлению в институте - не по должности, а по сути).
